Серийный номер можно зашивать на этапе производства счётчика. Данные в EEPROM хранить вместе в контрольной суммой. При замене EEPROM выводить сообщение на экран о несанкционированном доступе. Сам счётчик можно опломбировать. Электромеханический без пломбы смотать вообще проблем нет.
Для хранения данных юзать FM24C02. Стоит около 20 руб. Число циклов записи 10^14. Вся логика счётчика влазить в недорогой PIC-контроллер.