для этого есть ECO. Включаешь в схематике Utils/Record ECOs/ON и делаешь чё хочешь. При записи у тебя попросять файл, куда писать ECO-информацию указываешь таковой, а в PCB делаешь импорт ECO, и указываешь записанный файл. В общем-то и вся "проблема" :)
...делать нужно так, как нужно. А как ненужно - делать не нужно (С) Винни-Пух :)