Нео оказался просто программным дефектом, который иммунная система матрицы слопала в достаточно короткий срок. Воспользовавшись при этом им как слепым орудием для запугивания Зиона, и уничтожения его накопившейся боевой мощи.
Это моё личное предвзятое мнение. Любое совпадение с реальностью является случайным и непреднамеренным.