Можно то оно можно... Но только осторожно.
Когда строка или группа строк существует в 3 и более вариантах - понять это уже становится сложно. Нужен smart folding.
Обособление зависимых кусков от независимых - это очень правильно, но иногда приводит к неоправданным накладным расходам. Если же пользоваться супермакросами размером "с экран", то тут ораничение по памяти программиста наступает :)
Насчет IDE - это полная засада. Я откровенно склоняюсь к скриптовым тулзам типа SConst (ну или старый добрый make).
И вообще, вероятно, придется учиться работать с двумя IDE. Одна - это универсальный редактор "на все случаи жизни". Компиляция, отлов мата компилятора и линкера. А вторая - это, собстенно, целевая иде, куда включены все файлы проекта. Тут уже более тонкая работа, симуляция и пр.