"до уровня шины система разъемов не доработана" А как доработать? Сама идея собирать платы "этажеркой" для таких вот конструкций на мой взгляд, весьма разумна. По-идее, всего-то и нужно добавить:
1. Больше земли и питания.
2. Десяток дополнительных линий связи чиста между платами, не подключенных к uC