Не только излучаемых. Увеличивается длина пути возвратного тока, а значит пульсации будут больше. (хотя в итоге это одно и тоже - помехи). На сколько это критично зависит от предъявляемых требований. Хотя если хочется плату в 2 слоя, то значит эти требования очень не критичные.