Мы сохраняем настройки так: ищем свободный сектор, и заливаем в него старое содержимое, на лету меняя нужные байты, потом убедившись, что все ок, меняем указатель на текущий сектор настроек. В худшем случае не происходит сохранение и всегда есть возможность отменить последнюю операцию.