Да, в первый раз бэкапит все. В дальнейшем - только вносит изменения. А что надежность? Этож копия. Ну можете еще вручную после синхронизации РАРом запаковать с добавлением информации для восстановления.
upd: можно и не вручную - в настройках есть "Run xxx program before/after running profile"