Э.. Так в документации все написано... http://www.atmel.com/dyn/resources/prod_documents/doc2467.pdf
Только из-за того что во FLASH пишется только страница целиком нужно сперва считать FLASH, подправить нужный байт, а затем записать взад ее (в смысле страницу).
Читать здесь:
http://www.atmel.c …_documents/doc2467.pdf