Средства и методы разработки

А что мешает сделать "многослойный" загрузчик? Есть некий примитивный загрузчик. Который умеет образ из флешки запустить. А там уже Ваш правильный, который правильно грузит ОСь с ее приложениями. Или я чего не понял?