По опыту работы с FX3 - SS очень капризен. Наличие приемника SS определяет передатчик по присутствию нагрузки, после чего пытается соединиться на SS. С редрайверами от TI не работает (ловит их как нагрузку), от NXP - более или менее. С соплями на плате (пытались исправить ошибки разводки) - почти не живет. На форуме сайпресса тоже была тема про хреновость связи на SS, но вроде бы в последних версиях SDK это дело подрихтовали.
http://www.cypress …-internal-noise-issues