12.5пФ, указанные в даташите на кварц - это не емкость кварца. Это емкость, которой нужно нагрузить кварц, чтобы получилась желаемая частота. у STM есть хорошая аппнота по практическому рассчету обвязки кварца для их процов, там есть все http://www.st.com/st-web-ui/static/active/en/resource/technical/document/application_note/CD00221665.pdf?s_searchtype=keyword необходимые формулы. Думаю, у атмела тоже есть что-то подобное.