Кстати мне на мои вопросы по Bootloder-у ответил в ATMEL (что я завал в параллельных ветках). 1. Загрузчик НЕ! загружен заводом, все чипы идут пустые!
2. Мне дали HEX файлы для всех ATXMEGA чипов USB Bootloder-ов и дали исходники все, могу дать кому нужно.