В четвертой студии они все (stk500, jtagiceii, avrdragon) с одним и тем-же синтаксисом, отличия максимум в двух ключах (один интерфейс, другой индикация прогресса). При переходе на другой программатор из поддерживаемых всегда было достаточно изменить название *.exe програматора в батнике.