по вашей же ссылке все хорошо расписано - он не указал -E. Очень наглядна последняя попытка, закончившаяся отключением интерфейса программирования:
D:\Program Files\Atmel\AVR Tools\STK500>stk500 -ms -datmega48 -EFF -fE3DE
STK500 command line programmer, v 2.2 Atmel Corp (C) 2004-2005.
Scanning ports:
COM1 ... Connected to STK500 V2 on port COM1
Device parameters loaded
Programming mode entered
Programming fuse byte 0 (0xDE)...
Programming fuse byte 1 (0xE3)...
Programming fuse byte 2 (0xFF)...
Fuse bits programmed
Programming mode left
Connection to STK500 V2 closed
D:\Program Files\Atmel\AVR Tools\STK500>stk500 -ms -datmega48 -q
STK500 command line programmer, v 2.2 Atmel Corp (C) 2004-2005.
Scanning ports:
COM1 ... Connected to STK500 V2 on port COM1
Device parameters loaded
Could not enter programming mode
Что просил, то и получил