Чет не то делается. Не лазил в этот узел, тем более на F3, но посмотрел мануал
1. Clear WUTE in RTC_CR to disable the wakeup timer.//будем считать, что делается RTC_WakeUpCmd(DISABLE);
2. Poll WUTWF until it is set in RTC_ISR to make sure the access to wakeup auto-reload
counter and to WUCKSEL[2:0] bits is allowed. It takes around 2 RTCCLK clock cycles
(due to clock synchronization).// прихоть смотреть флаги в обработчике прерывания возможно возникла неспроста
3. Program the wakeup auto-reload value WUT[15:0], and the wakeup clock selection
(WUCKSEL[2:0] bits in RTC_CR). //для auto-reload value запись RTC_SetWakeUpCounter(0); наверно неправильная:)
Set WUTE in RTC_CR to enable the timer again.//будем считать, что делается RTC_WakeUpCmd(ENABLE);
The wakeup timer restarts down-counting.