На SAMA5D2 XULT же встроенный отладчик, просто подключается USB шнурок и вперед. У меня правда проект для IARа был готовый, возможно в нем с настройками есть нюансы. Недавно пытался в пятом кейле настроить отладку SAM7X512 через MT-Link. Пока что безрезультатно, не шьет флэш ни в какую.