Заливка через MSD - это выдумка бутлодыря конкретной демоплаты. К mbed отношения, в общем, не имеет. И непонятно как STM может уйти с мбед. Запретит заливать проги, сгенеренные мбед, в свои процы? То же и с отладкой: как я понимаю отладкой обделена только онлайн IDE. Все остальные варианты могут быть ожитаглены и отдебажены штатным образом.