наводящие вопросы: 1) что за микроконтроллер?
2) какой источник сигнала?
3) АЦП имеет входной буфер?
4) какой источник опорного напряжения?
5) стоят ли развязывающие конденсаторы?
6) как обстоят дела с цифровым, аналоговым питаниями? землями? как развязаны?
а вообще лучше бы схему, чтобы не тыкать пальцев в воздух.