Сделайте программу для 6 вариабельных аминокислот и одной фиксированной, пусть это будет самая первая аминокислота, передавайте её тип в параметрах программы. После этого вызовите программу 21 раз, с параметром для каждой из аминокислот.
Это моё личное предвзятое мнение. Любое совпадение с реальностью является случайным и непреднамеренным.