Кстати да, думается, что некоторые последовательности вообще почти не встречаются. Так что ассоциативный массив -- самое правильное. Разумеется в файле, а не в ОЗУ, на всякий случай (но типично будут использоваться в основном одни и те же цепочки, которые окажутся в кеше). В том и отличается программирование проф. уровня от поделок студентов.