Думаю правильно понимаете - я также понял. А как ещё понять-то? Неужто в ATMEL, чтобы нам жизнь мёдом не казалась, решили сдублировать биты DMA.STATUS в CTRLB?
Ну да - так получается. А чем плохо - довели до совершенства - правда поздно.
TRNIF и ERRIF тоже дублированы. Можно читать где удобно. В АЦП кстати тоже самое - хочешь статус/запуск АЦП через регистры канала делай, хочешь - через общие регистры АЦП.