Если можете себе позволить ждать, пока стирается сектор, то можно эмулировать EEPROM: Основные идеи изложены, например, здесь:
http://www.st.com/ …oks/pdf/docs/11025.pdf
Я работаю с STR710, и там есть два банка флэш. Пока стирание/запись сектора происходит в спомогательном банке, код спокойно выполняется из основного банка (они называют это RWW - Read While Write). Код эмуляции EEPROM получился не шибко простой, но работает на ура.
К сожалению, в LPC21xx RWW нет, но если можете позволить себе подвисать на 400 мс при стирании сектора флэш, то такую же эмуляцию EEPROM можно организовать.