Оказалась неправа: UPDI - 1-ware интерфейс, тогда как PDI был с двумя линиями, где кроме линии данных был еще clock (по сути это был однонаправленный SPI). Между тем, разъем остался прежним (6-pin), только clock оторвали. Т.е. теперь даже http://www.atmel.com/Images/Atmel-2521-AVR-Hardware-Design-Considerations_ApplicationNote_AVR042.pdf непонятно зачем на этом разъеме целых 6 штырьков - можно было бы ограничиться тремя (3-ый чтобы не перепутать "полярность").
Читаем по ссылке документ в разделе "4.5. UPDI Interface".