думаю да, по крайней мере я как-то сразу сделал процедуру "EEPROM_UPDATE" (проверка перед записью на "то же самое") и пишу только ей. За 15 лет работы с АВРами - никаких проблем с EEPROM (статистику работы своих девайсов пишу в EEPROM всегда, это как бы "аппаратный журнал")
...делать нужно так, как нужно. А как ненужно - делать не нужно (С) Винни-Пух :)