Если смотреть справку Atmel Studio 6.2, отладка ATmega328 поддерживается Atmel-ICE, AVR Dragon, AVR ONE!, JTAGICE3, JTAGICE mkII. Для ATmega328 дополнительное есть mEDBG. JTAGICE mkII был разных ревизий, но это влияет на поддержку PDI и aWire, debugWire должен быть везде