наверное, я немного погорячился про cygwin сам просто постоянно переключаюсь с винды на линукс и обратно.
Вам нужно скомпилировать код для АРМ процессора, т.е. нужно использовать кросс-компиляцию, которую поддерживает gcc. Поэтому, скорее всего cygwin вам вполне подойдет.