Электроника ни при чем, просто для решения задач надо использовать подходящие протоколы и оборудование, а не брать первое попавшееся. Если канал связи не обеспечивает передачу пакетов без пауз между байтами, то стоит посмотреть для начала на Modbus-ASCII или Modbus-TCP. Что интересно, некоторые промышленные контроллеры позволяют настраивать величину таймаутов Modbus-RTU практически произвольно, после этого он начинает ходить даже там где не должен.