AVRStudio 4 дружит с атмеловским тулчайном не выше определенной версии, у меня после экспериментов остались такие записи:
Atmel Toolchain 3.2.3 - результаты компиляции неадеватны - НЕ ИСПОЛЬЗОВАТЬ
Atmel Toolchain 3.3.1 - не лучше 3.2.3, использовать только с оптимизацией -O1
Atmel Toolchain 3.4.0-2 - не работает с симулятором студии
Atmel Toolchain 3.4.3 и выше - не стыкуются с AVR Studio 4, изменился дистрибутив