Согласен. Если состав проекта меняется (исходных файлов стало больше или меньше)
Файлы добавлялись-удалялись. Состав проекта менялся, было такое.
невредно и почистить промежуточные
Чистил - без очистки GCC на первом же файле ошибку выдавал и прекращал билдить.
У меня это "make clean".
Аналогично. Его и запускал. А потом уже make all.