Код для MCU более эластичен с точки зрения рефакторинга, чем код для FPGA. Для MCU важно сохранение небольшого количества программных интерфейсов к базовым сервисам RTOS, при этом как код самой RTOS, так и прикладной части можно рефакторить со сколь угодно большим шагом изменений.
Для FPGA переход на другую структуру внутреннего взаимодействия блоков может оказаться слишком большим шагом :)