Аппаратных точек останова во встроенном отладчике PIC16F1829 всего три. Одна задействуется для пошагового выполнения. Две свободны для установки в коде. Отлаживал PICkit3 меньшего брата, PIC16F1825. Проект ШИМ-регулятора температуры, с 4 каналами программного ШИМ на ассемблере (на Си тогда не умел писать). Проблем с отладкой не испытывал, разве что для отображения параметров в удобочитаемой форме приходилось их как-то хитро декларировать, чтобы в качестве переменных из ассемблера были видны. Не помню уже деталей. Возможно ещё отладчик может на команду пролетать точку останова и лучше ставить после неё NOP, но это я уже с отладкой C-кода и PIC24 могу путать.
В общем, PICKit3 достаточно.
P.S. Конечно, в MPLABX работайте. Особый кайф - кросплатформенность. На работе Windows, дома Linux - практически не замечаю разницы. Работает сносно.