Конечно микросхема будет как можно ближе к электродам. Если провода тонкие, они почти не увеличивают емкость даже при значительной длине. Когда-то очень давно делал самопальный емкостный датчик давления внутри цилиндра ДВС из водопроводного сгона http://www.tavria.org.ua/forum/picture.php?albumid=354&pictureid=2281 http://tavria.org.ua/forum/showpost.php?p=1340153&postcount=1 и NE556,
весьма прилично работало. Так там мембрана с платой тоже была соединена гибким проводником, который ничуть не мешал измерениям.