Для начала не плохо бы сравнить, меняется ли содержимое файлов. Видел интересную статью про то как файлы после каких-то манипуляций с упаковкой/распаковкой превращались в незапускаемые без изменения содержимого. Проблема возникала на уровне слишком навороченной файловой системы NTFS.