Если есть подозрения, что исходный гербер имеет странный формат, то рекомендуется открыть во вменяемой программе (тот же сам350) и снова экспортировать в гербер на этот раз с вменяемым режимом экспорта. Конечно, предварительно проверив, что всё выглядит правильно.