по схематике вопросов не вижу - в тех схемах, что мне попадались, ставятся стандартные ftdi /cypress + cpld и далее контакты уходят на Альтеры, вероятно вопрос встанет с прошивкой для этой cpld. ищите инфу по этому вопросу. возможно, она прошивается стандартным софтом Альтеры, возможно только под NDA начальная прошивка через отдельный jtag для cpld..