Просто напишите код и спроектируйте аппаратную часть так, чтобы ошибочное срабатывание флага не приводило к фатальным последствиям. Расставьте везде ловушки (traps), с прерываниями, программные, аппаратные на уровне обвязки МК. Абсолютной защиты нет. Просто задайтесь целью снизить вероятность фатального сбоя, сделав как можно больше из имеющихся потенциальных источников сбоев не фатальными.