В Reference Manual не нашёл подобных ограничений на совместное использование каких либо настроек порта. Экспериментировать более нет возможности. Проблема вроде пофиксилась путем приведения ноги в нужное состояние через LAT и уже после этого отпускание её в z состояние. Вроде ничего крамольного не делаю, у себя ошибки не вижу, объяснения нет.