Загрузчик у меня всегда по адресу лежит Boot Loader Flash Section поэтому изменение основного проекта не как не может повлиять на работу загрузчика, естественно нужно знать адрес для софтового перехода туда если данное предусмотренно, вот можно ли поместить его туда сразу на этапе разработки основного приложения, что то не могу пока сделать это.