Трансформатор постоянку не передает, вот и выравнивают манчестером. Если UART чем-то модулировать -- то можно и через трансформатор. Причем модулировать не обязательно же частотой, можно одним импульсом, как в IRDA сделано (импульс в 1/16 периода бита для "1" и нет импульса для "0"). А без модуляции будут уплывать все уровни и длительности, возникнет межсимвольная интерференция.