Например, есть 5V SPI или I2C или RS-485 периферия (5V драйвера RS-485 и RS-422 дешевле, и имеют лучшие параметры по синфазному как правило), а остальной чип над писать от 3.3. Или наоборот - чип от 5В, а отдельная периферия от 3.3. Есть и более экзотические варианты.
Современные FPGA толстых серий имеют ограниченное количество 3.3В IO - 48, например. Зато 1.8В - сотни. Вдруг нам надо десяток-другой CM0+ специфических контроллеров - вот и сэкономим дефицитные 3.3В пины :)