Вообще-то совпадение CRC на транспортном уровне с высокой вероятностью говорит о целостности пакета, и плевать какое внутри шифрование данных. Можно вводить CRC для payload - зашифрованных данных (и, например, использовать её ещё и как соль), но это будет просто более надежно.