Вариантов масса - от "самодумных" (особенно при возможности вмешательства в ПК-шную часть загрузчика) до АТ-команд. http://www.fulcrum.ru/Support/art_Atmel_Loader.htm
Для установления связи ПК передает подряд 16 байт (0x80), по ним определяется скорость передачи. В ответ загрузчик передает подряд 3 байта: полученный коэффициент деления асинхронного интерфейса (первым – целая часть, вторым – дробная) и байт 0x0D. Коэффициент деления, отличающийся от ближайшего целого числа больше чем на 4 - 5%, не рекомендуется для использования из-за низкой точности синхронизации [2, стр. 180-181].