Металлизированная сверху дырка - это стандартный компонент для BGA с мелким шагом. Он заметно повышает стоимость платы, 1.5-2 раза для мелких партий опытных образцов. Эпоксидка в варианте заполнения без дополнительной металлизации сверху, вероятно, вполне качественная и никуда не вытечет (наверное...)