Спасибо всем за помощь в выборе 16-32 разрядными мк со счетчиками от мелкочипа. Сухой остаток: годится любой мк с event system и нужным количеством счётчиков - ATSAM и некоторое кол-во dsPIC33/pic24 с таймерами, подключенными к PPS.
Гонит неудачников
По миру с котомкою,
Жизнь текёт меж пальчиков
Паутинкой тонкою.