флаги прерываний подымутся по любому, они от одновременности не зависят т.к. защелкиваются аппаратно же, а ты по мере возможностей бегай сбрасывай и считай. не вижу никакой половой разницы с аппаратным счетчиком при достаточном быстродействии камня для твоей задачи счета.
ну и важна критичность пропуска одного импульса...