То, что Вам нужно называется "Thermocouple Amplifier with Cold Junction Compensation". Много делает Analog. http://www.analog.com/en/prod/0,,764_811_AD597%2C00.html По ссылке посмотрите список аналогичных усилителей. В руководствах по применению Analog неплохо описывает детали.
Термопара на порядок сложнее в применении, чем термометр сопротивления.1 градус абс. погрешности на термопарах из неблагородных металлов - сверх задача. Сильно плывут, требуют индивидуальной калибровки и т.д. Незащищенная термопара должна соответствовать измеряемой среде.
Если нет специальной задачи, требующей именно термопару (высокие температуры) - лучше без нее.