Есть ещё линия DTR от USB/COM конвертора, она в передаче не участвует, но она делает аппаратный сброс, после которого процессор влетает в бутлоадер и слушает линию Rx. Это легко пронаблюдать, используя любую программу терминала, в которой ничего никуда не передавать, а только "подергать" линию DTR - ардуина будет сбрасываться.