какой программатор? вы бы чуть погуглили http://www.getchip.net/posts/104-proshivka-lyubogo-hex-fajjla-v-arduino-pri-pomoshhi-shtatnogo-zagruzchika-bootloader/ Процесс прошивки тот же:
— подключаем Arduino в USB-порт (отдельного питания не нужно)
— выбираем Hex файл
— выбираем тип Вашего Arduino
— выбираем COM порт
— жмем Upload