Вам защищать ничего не надо. Если производитель не схалтурил, то должно быть защищено с завода. Узнать точно можно ВНЕШНИМ программатором. У меня есть самодельный AVRISP-MKII, проверенный на xMega32A4. Там большие отличия от старого ISP, вместо 6 проводов используются только 4 (пишу по памяти). Даже если все снесете, восстановим :)